休斯被委任为威尔士国家队时，当时的威尔士在世界球坛上只属二三流球队。然而，在休斯执教的五年间，威尔士差点就能晋身2004年欧洲足球锦标赛决赛圈。他们在小组排第二，仅次于意大利之后，可惜在附加赛不敌俄罗斯。　　休斯于2004年9月辞去威尔士国家队主教练一职，转而执教其球员生涯最后效力的布莱克本。休斯当季不但带领球队成功保级，还协助球队40年来首度晋身足总杯四强。而在执教布莱克本流浪者的第二个赛季，休斯更创出佳绩，包括在联赛击败阿森纳及两度击败曼联，令到俱乐部有机会参与来季的欧洲联盟杯。　　2008年6月3日，马克·休斯被曼城以500万英镑的违约金挖至帐下，成为曼城新的主教练，合同为期3年。　　2009年12月19日，在任教18个月及花费接近2亿英镑引进球员仍交不出成绩后，曼城将他解雇，继任者是曼奇尼。　　2010年加盟富勒姆，2010年6月辞职。　　2012年1月成为女王公园巡游者队（QPR）主教练。